Η πόλη του Αφάντου έχει ιστορία περίπου 3.000 χρόνων. Την εποχή εκείνη στο νησί υπήρχαν οι τρεις πόλεις-κράτη (Λίνδος, Ιαλυσός και Κάμειρος) που είχαν υπό την εποπτεία τους διάφορους δήμους του νησιού. Ένας από αυτούς, ο δήμος Βρυγινδαρίων, που βρισκόταν στην περιοχή της πόλης του Αφάντου και ήταν υπό την εποπτεία είτε της Καμείρου ή της Ιαλυσού. Ο δήμος Βρυγινδαρίων αποτελούνταν από διάφορους οικισμούς που εκτεινόταν από τις ανατολικές πλαγιές του λόφου «Λουπίνοι» μέχρι την παραλία και από τη θέση «Βίγλα» (σημερινό Γκόλφ) μέχρι και τα Κολύμπια. Ο δήμος φημιζόταν για τις Βρυγινδάρες ισχάδες (σύκα), ενώ η κύρια ασχολία των κατοίκων ήταν η γεωργία.

Ο δήμος γνώρισε μεγάλη άνθηση κατά τους ελληνιστικούς χρόνους (3ο ως 1ο π.Χ αιώνα) και καταστράφηκε τρεις φορές από πειρατές, το 620 μ.Χ. από Πέρσες, το 653 μ.Χ από Άραβες και το 807 μ.Χ από Τούρκους. Μετά τις καταστροφές αυτές οι κάτοικοι εγκατέλειψαν του οικισμούς που ήταν κοντά στα παράλια και κατά συνέπεια ορατοί από τους πειρατές και μετοίκισαν σε πιο ασφαλείς περιοχές όπως τα Λειβάδια, το Μαζέφι, η Πλάκα, η Αμμωτή, τα Πελέμονι, τα Κολύμπια κ.α. Ο δήμος Βρυγινδαρίων διατηρήθηκε ως τον 10ο μ.Χ αιώνα περίπου καθώς με την πάροδο των αιώνων για μεγαλύτερη ασφάλεια και καλύτερη οργάνωση και διαβίωση, οι οικισμοί ενώθηκαν και αποτέλεσαν τη σημερινή πόλη του Αφάντου που βρίσκεται ανάμεσα στα βουνά Λύχνος – Τραπεζία – Λουπίνοι – Προφήτης Ηλίας.

Για την ονομασία Αφάντου υπάρχουν τρεις εκδοχές. Η μία αναφέρει ότι η ονομασία προήλθε από σημαντικό μεγαλοκτηματία της περιοχής που ονομαζόταν Εύφαντος, η δεύτερη ότι προήλθε από τα ξακουστά υφαντά και τις Φαντούδες (υφάντρες) του και η τρίτη που θεωρείται και η επικρατέστερη ότι επειδή δεν φαινόταν από πουθενά λόγω της τοποθεσίας στην οποία είναι κτισμένο, ανάμεσα στους λόφους, έγινε «Άφαντο».

Οι πρώτοι κάτοικοι της Αρχίπολης ζούσαν στο βουνό Αξιντές, ενώ αργότερα μετοίκισαν σε περιοχές με χαμηλότερο υψόμετρο και ίδρυσαν μικρούς οικισμούς σε διάφορες τοποθεσίες όπως, Αϊ Ντριας, Άγιος Ανδρέας, Άγιος Μηνάς, Άγιος Δημήτριος, Άγιος Γεώργιος, Μύλοι, Πατέλια, Χαλάσματα.

Σύμφωνα με την παράδοση το χωριό Αρχίπολη οφείλει το όνομά του σε κάποιο βασιλόπουλο, ονόματι Αρχέπολη , που ήρθε από την Κρήτη βαριά άρρωστο και διάλεξε την περιοχή αυτή για να αναρρώσει.

Μια δεύτερη εκδοχή θεωρεί ότι κάποιος Λίνδιος άρχοντας με το όνομα Αρχίπολις, το οποίο ήταν σύνηθες κατά την αρχαιότητα όπως μαρτυρούν και οι μαρμάρινες πλάκες που ανακαλύφθηκαν τόσο στην πόλη της Ρόδου όσο και στη Λίνδο που αναγράφουν το όνομα αυτό, να ίδρυσε εδώ και τον πρώτο οικισμό δίνοντάς του το όνομά του.

Για την περίοδο των ιπποτών και της Τουρκοκρατίας δεν υπάρχουν συγκεκριμένα στοιχεία για την πόλη του Αφάντου και την Αρχίπολη και τη ζωή των κατοίκων πλην ελάχιστων, είναι όμως σίγουρο ότι ακολούθησε την τύχη της Πόλης της Ρόδου και ολόκληρου του νησιού.

Κατά την διάρκεια της Ιπποτοκρατίας ο Μεγάλος Μάγιστρος διοικεί το νησί και ρυθμίζει την πολιτική και κοινωνική ζωή του νησιού. Τα χαρακτηριστικά της περιόδου αυτής είναι η αρμονική συμβίωση, η πνευματική και κοινωνική πρόοδος και η ευνομία στις εμπορικές συναλλαγές και την δικαιοσύνη, ενώ δεν λείπουν οι θρησκευτικές διαφορές και συγκρούσεις οι οποίες όμως διευθετούνται με αμοιβαίες υποχωρήσεις γιατί προέχει η υπεράσπιση των νησιών από τους αλλόθρησκους.

Το 1474 ο Μεγάλος Μάγιστρος των Ιπποτών Ορσίνι, εκδίδει ένα διάταγμα όπου αναφέρεται το χωριό Αφάντου: «σε περίπτωση εχθρικής επιδρομής, τα χωριά Αφάντου, Ψίνθος, Αρχίπολη, Αρμία, Καλυθιές και Δεμαλία να αποσυρθούν στην Πόλη της Ρόδου».

Το 1522 η Ρόδος παραδίδεται στους Τούρκους και παρόλο που βάσει των όρων του Μεγάλου Μαγίστρου δεν επετράπη η λεηλασία και το παιδομάζωμα, η Τουρκική κατοχή υπήρξε βασανιστική. Κατά την διάρκεια της τουρκοκρατίας δεν υπήρξαν ομαδικές εξισλαμίσεις και έτσι το νησί διατηρήθηκε ελληνικό και χριστιανικό. Η μόρφωση των κατοίκων ήταν ανύπαρκτη μέχρι τον 17ο αιώνα μιας και δεν υπήρχαν σχολεία και μόνο οι παπάδες μάθαιναν γράμματα για να μπορούν να διαβάζουν και να ψάλλουν στην εκκλησία.

Το 1912 η Ρόδος μαζί με τα υπόλοιπα Δωδεκάνησα περιήλθαν στην Ιταλική κατοχή. Τ’ Αφάντου χρησίμεψε ως ορμητήριο του Ιταλικού στρατού κατά των Τούρκων που είχαν οχυρωθεί στη Ψίνθο. Οι Ιταλοί με το στρατηγό Αμέλιο κατέλαβαν την Ψίνθο με τίμημα επτά (7) νεκρούς που έθαψαν στην αυλή της εκκλησίας τ’ Αφάντου.

Το 1935 οι Ιταλοί προέβησαν στην απαλλοτρίωση των κτημάτων της περιοχής των Κολυμπίων, τα οποία μέχρι τότε κατείχαν κάτοικοι από τα Αφάντου και την Αρχάγγελο και κτίζοντας κατοικίες–αγροκτήματα δημιούργησαν ένα πρότυπο γεωργικό χωριό το οποίο ονόμασαν San Benedetto. Οι κατοικίες του χωριού διέθεταν δεξαμενή νερού, στάβλους και παρείχαν όλες τις ευκολίες για τη γεωργία και κτηνοτροφία. Το νερό μεταφερόταν από τις επτά πηγές και τον ποταμό Λουτάνη με εξωτερικό αρδευτικό σύστημα που σώζεται μέχρι σήμερα. Για την λειτουργία του χωριού χάραξαν δρόμους, φύτεψαν δέντρα στις άκρες τους, χώρισαν την περιοχή σε τετράγωνα και έκτισαν καθολική εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Βενέδικτο, ενώ εγκατέστησαν οικογένειες από την Ιταλία, με σκοπό την ενασχόλησή τους με την γεωργία και κτηνοτροφία και φυσικά τη συντήρηση των αγροκτημάτων.

Οι Ιταλοί με πιέσεις, με απειλές και υποσχέσεις προσπάθησαν να εξιταλίσουν τους κατοίκους. Στο πλαίσιο αυτό το 1937 ο Ντε Βέκκι κατάργησε τα σχολεία των κοινοτήτων και τα μετέτρεψε σε δημόσια με ταυτόχρονη κατάργηση της ελληνικής ως μητρική γλώσσα. Επιπλέον, έλαβαν αυστηρά μέτρα για τη γεωργία και την κτηνοτροφία με στόχο να αποτρέψουν τους κατοίκους να ασχολούνται με αυτές και να γίνουν εργάτες στα δημόσια έργα αντί μικρής αμοιβής.

Τον Μάρτιο του 1948 η Ρόδος και όλα τα Δωδεκάνησα ενσωματώθηκαν με την Ελλάδα. Μετά την ένωση της Δωδεκανήσου με την Ελλάδα, τα Κολύμπια ξαναπήραν το όνομά τους και τα κτήματα μοιράστηκαν στους ακτήμονες των γειτονικών χωριών.

Τα χρόνια που ακολουθούν δεν είναι εύκολα. Οι κάτοικοι που ασχολούνται με την γεωργία δε βλέπουν τους κόπους τους να αμείβονται και η φτώχεια εξακολουθεί να τους καταπιέζει, με αποτέλεσμα γύρω στο 1959 να αρχίσει η μετανάστευση με κύριο τόπο προορισμού τη Γερμανία. Είναι χαρακτηριστικό ότι στα μέσα της δεκαετίας του 1960 ο πληθυσμός των Αφαντενών στην περιοχή «Γκουμεσπαχ» της Γερμανίας, φτάνει τα 1200 άτομα.

Η οικονομική ανάπτυξη της περιοχής του Δήμου αρχίζει την δεκαετία του ‘80 με την τουριστική αξιοποίηση της.

Το 1997 τ’ Αφάντου, η Αρχίπολη και τα Κολύμπια, ενώθηκαν διοικητικά με το σχέδιο Ιωάννης Καποδίστριας της Ελληνικής Κυβέρνησης και σχημάτισαν τον σημερινό Δήμο Αφάντου